वन्दे मातरम कार्यक्रम भी कार्यालय शुरू होने से ठीक पहले हर महीने के पहले कार्य दिवस पर संभाग जिला मुख्यालयों पर एक उत्सव के तरीके से होगा। कार्यक्रम के तहत राष्ट्रगान और राष्ट्रीय गीत का पाठ किया जाएगा। कार्यक्रम को नए प्रारूप में आकर्षक बनाया गया है और आम लोगों को इसमें शामिल होने के लिए प्रोत्साहित किया जाएगा। आम जनता की भागीदारी के साथ, वंदे मातरम गायन कार्यक्रम भोपाल के आकर्षण का केंद्र बन जाएगा। भाजपा अध्यक्ष अमित शाह भी इस विवाद में शामिल हो गए और उन्होंने सवाल उठाया कि क्या कांग्रेस अध्यक्ष के आदेश पर गायन बंद कर दिया गया था।  शाह की टिप्पणी पर प्रतिक्रिया व्यक्त करते हुए, मुख्यमंत्री कमलनाथ ने कहा '' भाजपा वंदे मातरम के साथ राजनीति कर रही है। कभी-कभी वे राम मंदिर और अब वंदे मातरम पर राजनीति करती है। मैं इसे गलत मानता हूं और इसकी कड़ी निंदा करता हूं।''

रााज्य सचिवालय में वंदे मातरम के गायन को निलंबित करने और मीसा बंदियों की पेंशन रोकने के फैसले ने मध्य प्रदेश को एक गंभीर विवाद में डाल दिया है। दोनों फैसलों ने भाजपा को नवगठित कांग्रेस सरकार पर बंदूक चलाने का मौका दिया है। वंदे मातरम को वल्लभ भवन के सामने पार्क में गाया जाता था, जिसमें मप्र सरकार का सचिवालय है। यह प्रथा भाजपा के तत्कालीन मुख्यमंत्री बाबूलाल गौर ने शुरू की थी। वल्लभ भवन में काम करने वाले अधिकारी और कर्मचारी वंदे मातरम के सामूहिक गायन के लिए कार्य दिवस की शुरुआत से पहले हर महीने की पहली तारीख को पार्क में इक_ा होते हैं। निश्चित रूप से कुछ मंत्री भी राष्ट्रीय गीत के गायन में भाग लेते थे। लेकिन अचानक, इस साल की पहली जनवरी को वंदे मातरम नहीं गाया गया, जिसके कारण एक भयंकर विवाद हुआ।

मजबूत विरोध प्रदर्शन करने वाले पूर्व मुख्यमंत्री शिवराज सिंह चौहान थे। उन्होंने वंदे मातरम के गायन पर रोक को एक असंगत कृत्य करार दिया। उन्होंने घोषणा की कि भाजपा के सदस्य गीत गाने के लिए 2 जनवरी की सुबह पार्क में इक_ा होंगे। तदनुसार, भाजपा के कई पूर्व मंत्री, विधायक और अन्य स्थानीय भाजपा नेता सरदार वल्लभ भाई पटेल पार्क में इक_े हुए और न केवल वन्दे मातरम गाया बल्कि  '' इस देश में रहना है तो भारत माता की जय कहना होगा'' जैसे नारे लगाए। जब मीडियाकर्मियों ने उनसे 'वन्दे मातरम' गाने का अनुरोध किया, तो भाजपा के कुछ नेता अपने दम पर इसे ठीक से नहीं गा पाए। बहुत कम लोग 'वंदे मातरम' का पूरा पाठ जानते हैं। यदि आप मुझसे अपने दम पर राष्ट्रीय गीत सुनाने के लिए कहेंगे, तो मैं ऐसा नहीं कर पाऊंगा। पूर्व विधायक सुरेंद्र नाथ सिंह ने कहा, ''मैं इसका समान रूप से सम्मान करता हूं।''

विधायक रामेश्वर शर्मा ने कहा ''  मैं पहला श्लोक गा सकता हूं। यदि आप इसे एक सुर में गाते हैं, तो आप इसे पूरी तरह से गा पाएंगे, लेकिन यदि आप इसे अपने दम पर करने के लिए कहें, तो आपको समस्याओं का सामना करना पड़ सकता है। इसका मतलब यह नहीं है कि हम वन्दे मातरम का सम्मान नहीं करते हैं।'' इस बीच, मुख्यमंत्री कमलनाथ ने स्पष्ट किया कि राष्ट्रीय गीत का अपमान करने का कोई इरादा नहीं है। लेकिन विचार यह है कि कार्यक्रम को बेहतर और संगठित तरीके से आयोजित किया जाना चाहिए। सरकार के एक प्रवक्ता ने कहा कि इस घटना को मजाक में कम किया गया था। उन्होंने कहा कि गायन कार्यक्रम में भाग लेने वाले वल्लभ भवन में काम करने वाले अधिकारियों और कर्मचारियों की संख्या कभी भी 200 से 300 से अधिक नहीं थी। इसलिए बड़े पैमाने पर भागीदारी सुनिश्चित करने के लिए इस तरह से आयोजन करना है। निर्णय के अनुसार, घटना को अधिक समावेशी बनाया जाएगा। राष्ट्रगान-जन-गण-मन भी गाया जाएगा।

    नई प्रणाली के तहत, पुलिस बैंड सुबह 10.45 बजे विभिन्न देशभक्ति गीतों को बजाते हुए शौर्य स्मारक से वल्लभ भवन तक मार्च करेगी। आम जनता भी पुलिस बैंड के साथ जा सकती है। एक बार जब बैंड और जनता वल्लभ भवन पहुंचते हैं, तो राष्ट्रगान और राष्ट्रीय गीत गाया जाएगा। वल्लभ भवन के परिसर में आयोजित होने वाले वंदे मातरम कार्यक्रम में राज्य सरकार के अधिकारी और कर्मचारी भी हिस्सा लेंगे। नया वंदे मातरम गायन कार्यक्रम हर महीने के पहले कार्य दिवस पर आयोजित किया जाएगा। राज्य मंत्रिपरिषद के सदस्य बारी-बारी से कार्यक्रमों में भाग लेंगे। वन्दे मातरम कार्यक्रम भी कार्यालय शुरू होने से ठीक पहले हर महीने के पहले कार्य दिवस पर संभाग जिला मुख्यालयों पर एक उत्सव के तरीके से होगा। कार्यक्रम के तहत राष्ट्रगान और राष्ट्रीय गीत का पाठ किया जाएगा। कार्यक्रम को नए प्रारूप में आकर्षक बनाया गया है और आम लोगों को इसमें शामिल होने के लिए प्रोत्साहित किया जाएगा। आम जनता की भागीदारी के साथ, वंदे मातरम गायन कार्यक्रम भोपाल के आकर्षण का केंद्र बन जाएगा।

भाजपा अध्यक्ष अमित शाह भी इस विवाद में शामिल हो गए और उन्होंने सवाल उठाया कि क्या कांग्रेस अध्यक्ष के आदेश पर गायन बंद कर दिया गया था। शाह की टिप्पणी पर प्रतिक्रिया व्यक्त करते हुए, मुख्यमंत्री कमलनाथ ने कहा '' भाजपा वंदे मातरम के साथ राजनीति कर रही है। कभी-कभी वे राम मंदिर और अब वंदे मातरम पर राजनीति करती है। मैं इसे गलत मानता हूं और इसकी कड़ी निंदा करता हूं।''

शिवराज सिंह चौहान ने घोषणा की है कि वह भाजपा के सभी 109 विधायकों के साथ 7 जनवरी को सुबह 10 बजे वल्लभ भवन के मैदान में वंदे मातरम का पाठ करेंगे। लोग इस कार्यक्रम में शामिल होने के लिए आमंत्रित करते हैं। उन्होंने  ट्वीट किया कि भाजपा विधायक केवल शपथ लेंगे। वंदे मातरम के पाठ के बाद। नवगठित विधानसभा का पहला सत्र 7 जनवरी से शुरू हो रहा है।

वंदे मातरम पर विरोध दर्ज करने के अलावा, भाजपा ने मीसा बंदियों को पेंशन का भुगतान निलंबित करने के फैसले को राजनीतिक प्रतिशोध के रूप में वर्णित किया। पेंशन को स्क्रैप करने का अंतिम निर्णय कुछ दिनों में लिया जाएगा। यह पेंशन उन लोगों को दी जाती है जिन्हें मीसा (आंतरिक सुरक्षा अधिनियम) के रखरखाव के तहत आपातकाल के दौरान गिरफ्तार किया गया था।